病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。
按照各自生理生化特征鑒別。
1。 大腸桿菌
鑒別方法： 培養基中加入伊紅美藍 大腸桿菌遇之，菌落呈深紫色，并有金屬光澤，可鑒別大腸桿菌。
2。綠膿桿菌綠膿桿菌（p.aeruginosa）或稱銅綠色假單胞菌
鑒別：分解蛋白質能力甚強，而發酵糖類能力較低，分解葡萄糖，伯膠糖，單奶糖，甘露糖產酸不產氣，不分解麥芽糖，菊糖和棉籽糖，甘露醇、乳糖及蔗糖，能液化明膠。分解尿素，不形成吲哚，氧化酶試驗陽性，可利用枸椽酸鹽。不產生H2S，MR試驗和VP試驗均為陰性。
3 鏈球菌：鏈球菌(Streptococcus)是化膿性球菌的另一類常見的細菌
鑒別方法：能發酵簡單的糖類，產酸不產氣。一般不分解菊糖，不被膽汁或1%去氧膽酸鈉所溶解。這兩種特性用來鑒定甲型溶血型鏈球菌和肺炎球菌。
病原體侵入人體后，人體就是病原體生存的場所，醫學上稱為病原體的宿主。危害性最大。病原體在宿主中進行生長繁殖、釋放毒性物質等引起機體不同程度的病理變化，這一過程稱為感染。不過人體或動物不像人工培養細菌的培養基，可以讓病菌不受限制地肆意生長繁殖，輕易地導致機體死亡。病原體入侵人體后，在發生感染的同時，能激發人體免疫系統產生一系列免疫應答與之對抗，這稱之為免疫。
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